O Projeto Dinâmica Biológica de Fragmentos Florestais – PDBFF é um projeto de cooperação bilateral entre o Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia (INPA) e o Instituto de Pesquisas Tropicais do Smithsonian (STRI, em Inglês) dos Estados Unidos, e deve sua criação a um acalorado debate científico de meados da década de 1970, sobre a aplicabilidade da Teoria da Biogeografia de Ilhas para o planejamento de unidades de conservação. Este debate, conhecido internacionalmente pela sigla “SLOSS” (“Single Large Or Several Small reserves of equal area”) procurava avaliar a importância da manutenção de uma reserva florestal grande ou de várias pequenas de igual tamanho. Naquele tempo, entretanto, os argumentos sobre “SLOSS” eram mais teóricos do que práticos, já que havia poucos dados disponíveis, incentivando assim muitos ecólogos a estudar ecossistemas fragmentados ou insulares a partir da década de 1970.

Concomitantemente à discussão mundial sobre SLOSS, na Amazônia Central, mais especificamente ao Norte de Manaus ocorria a criação do Distrito Agropecuário da SUFRAMA (DAS), uma iniciativa atrelada à Zona Franca de Manaus, que tinha por objetivo fornecer produtos agropastoris para uma população emergente da cidade de Manaus. A abertura de fazendas dentro do DAS, convertendo áreas florestais pristinas em pastagens, abriu oportunidades para estabelecer experimentos em grande escala pelo INPA nos 600 mil hectares destinados basicamente ao uso agrícola e pastoril. Aproveitando essa oportunidade Thomas Lovejoy, através do WWF (Fundo Mundial para a Natureza), associado ao INPA e à SUFRAMA, planejaram a criação fragmentos florestais dentro de três grandes fazendas de gado que seriam criadas.

Assim, em 1979, nasceu o Projeto “Tamanho Mínimo Crítico de Ecossistemas” coordenado por Richard Bierregaard, com uma equipe de três assistentes de campo. Porém, antes de qualquer intervenção na área, os futuros fragmentos florestais foram demarcados, cercados e o monitoramento de vários grupos taxonômicos foram iniciados, essa iniciativa propiciou um grande diferencial ao Projeto, pois antes de qualquer comparação entre áreas que foram fragmentadas e outras que permaneceram inalteradas houve a concepção de um marco zero, de origem comum entre todas as áreas.

Em 1988, após uma avaliação externa, o projeto mudou o nome inicial para Projeto Dinâmica Biológica de Fragmentos Florestais (PDBFF), pois refletia com mais acurácia o que de fato estava sendo realizado no âmbito da iniciativa. Na década de 1990, o projeto foi incorporado à Coordenação de Pesquisas em Ecologia do INPA através de convênio entre o MCT-INPA e o Instituto Smithsonian (Smithsonian Institution).

Também em 1979, a iniciativa foi registrada como um Grupo de Pesquisa (GP) do CNPq e foi batizado como Grupo de Pesquisa ”Dinâmica Biológica de Fragmentos Florestais”, um dos grupos que trabalha com pesquisa, monitoramento e treinamento mais longevos na Amazônia. Na organização atual do INPA, o GP faz parte da Coordenação de Dinâmica Ambiental (CODAM), um dos focos institucionais do Instituto.