Atualmente, agências de fomentos brasileiras, principalmente o CNPq, a CAPES e a FAPEAM é que garantem boa parte dos recursos para pesquisa e treinamento após aprovação de editais específicos. Mas, também, pesquisadores colaboradores ou alunos de pós-graduação, principalmente por intermédio de seus respectivos grupos de pesquisa ou orientadores trazem recursos para garantir as atividades de pesquisa e treinamento planejadas. Do lado internacional, os recursos também vêm através de aprovação de editais por colaboradores internacionais, principalmente da NSF, Smithsonian Institute, CTFS e US-AID. Algumas grandes agências não governamentais colaboram ou já historicamente colaboraram com o PDBFF, como o WWF-US e a Conservation Internacional. Algumas fundações, como por exemplo, a Coca-Cola F., Shell F., Sakaruna F. colaboram em projetos específicos de média duração.
Mas, para apoiar a logística e a manutenção de infra-estrutura de acampamentos, estradas de acesso, re-isolamento das reservas, de veículos e da sede na cidade, o PDBFF conta com apoio do INPA e principalmente de doações individuais ou de doadores estrangeiros, principalmente americanos. Os fundos angariados nos Estados Unidos são enviados para o Centro de Biodiversidade Amazônica (ABC, em Inglês para Amazon Biodiversity Center), uma Associação criada nos últimos anos para, entre outras atividades, apoiar financeiramente o PDBFF. Os fundos levantados pela ABC cobre despesas com o pagamento de pessoal de apoio e administrativo, manutenção de infraestrutura, logística, que em conjunto faz o PDBFF funcionar.
Um bom exemplo de financiamento específico ocorreu de 2015 a 2017, quando uma doação direcionou explicitamente recursos para apoiar alunos em suas atividades de campo. A atitude permitiu a criação de um edital que visou, mesmo que parcialmente, cobrir as despesas do trabalho de campo de alunos de pós-graduação. O fundo batizado de "Programa Thomas Lovejoy de apoio à pesquisa" prestou uma homenagem ao criador e grande incentivador do PDBFF e cada vez mais propicia apoio para os acadêmicos. Este recurso veio da Fundação Sachamura e da Fundação Frohring. Em 2020 e 2021, a Fundação Frohring voltou a financiar o programa de apoio aos estudantes.
Vale ressaltar que pequenos fomentos demandados pelos alunos de pós-graduação que desenvolvem suas propostas de estudos no PDBFF à Fundações e às instituições não governamentais completam o quadro de apoio financeiro, Rufford F., NatGeo F., Idea Wild entre outros sempre colaboram com nossos estudantes.