O PDBFF conta com um Comitê de Manejo que colabora com o planejamento e toma decisões sobre o funcionamento geral das atividades de pesquisa, treinamento e extensão desenvolvidas pela iniciativa. Membros do comitê também tomam decisões sobre a aprovação de novos projetos de pesquisas ou acadêmicos (novos estudos de mestrado e doutorado) e principalmente tomam decisões estratégicas sobre o aporte e uso de recursos provenientes de doações. O Comitê também, quando solicitado, pode ser assessorado pelo Comitê Científico do PDBFF que tem caracter consultivo.
O Comitê é formado pela Coordenação Científica do PDBFF, por um representante da diretoria do INPA, por um representante do lado americano da cooperação internacional, por um representante do Instituto Smithsonian, por representantes convidados de outras instituições parceiras, pelo coordenador do programa de Pós-Gradução em Ecologia do INPA e pelo coordenador da CODAM (o foco institucional onde está inserido o PDBFF dentro da estrutura do INPA). Atualmente, duas posições permanentes foram incorporados no Comitê: um representante/chefia do ICMBio, responsável pela Unidade de Conservação ARIE-PDBFF e o líder do GP DBFF, cadastrado no CNPq.
Dependendo da demanda, o Comitê pode se reunir virtualmente quando acionado ou ao menos em uma reunião presencial anual.
Atualmente, discute-se no Comitê uma mudança na estrutura do próprio Comitê e principalmente na representatividade dos membros que o compõem.